TitaniumBackup で無効化したものの、他プロセスから呼ばれているようで実際には動いておりました... 無効化の意味が無かったです。
こいつを呼んでいるのは /system/priv-app/fast-dormancy-wakeup.apk のようです。対策なんですが、
docomo の回線を使っているので fd_custm_conf.txt を MCC 0→420・MNC 0→10 に書き換えて様子見をするって手もありますが、サクッと削除してみることにしました。実際にはなにかあったときに元に戻せるよう fast-dormancy-wakeup.apk.BAK とリネームしただけですが。
rw での remount、すぐにコマンドを忘れるので備忘の意味を込め作業履歴を記載。
$ su
# mount -o rw,remount /system
# cd /system/priv-app
# mv fast-dormancy-wakeup.apk fast-dormancy-wakeup.apk.BAK
# mv fast-dormancy-wakeup.odex fast-dormancy-wakeup.odex.BAK
# mount -o ro,remount /system
# reboot
どきどきしながら再起動を待つ→無事に起動しました。
続きは数日後に。
2017/03/10 追記
数日後ではなく、一ヶ月後になりました。問題は発生せず、当たり前だけど暴走もありませんでした。